Walter Brandmüller sinh ngày 5 tháng 1 năm 1929 tại Ansbach, Đức. Cha là sĩ quan Công giáo và mẹ theo đạo Tin Lành. Brandmüller được rửa tội để theo đạo của mẹ nhưng cải từ Giáo hội Luther[1] sang Công giáo Rôma ở tuổi thiếu niên.[2][3][4] Ông theo học tại Đại học Ludwig Maximilian München năm 1963 và lấy bằng tiến sĩ lịch sử (luận án của ông có tiêu đề "Das Wiedererstehen katholischer Gemeinden in den Fürstentümern Ansbach und Bayreuth", tạm dịch: 'Sự tái lập của các giáo xứ Công giáo ở hai thân vương quốc Ansbach và Bayreuth') và có được "habilitation" vào năm 1967 với luận án "Das Konzil von Pavia-Siena 1423–1424" (tạm dịch: 'Công đồng Pavia-Siena' 1423–1424).[4]